1900年6月15日清晨，西什库附近的居民被一阵阵嘈杂的呐喊声惊醒。原来，聚集在此多日的义和团拳民，要向西什库教堂发起进攻了。

随着义和团运动的不断蔓延，自6月8日起，在北京的外国人和中国教徒开始向东交民巷使馆区、美国美以美会教堂和西什库教堂集中。据《北京天主教堂之围》统计，当时北堂聚集了30名法国军官和海军陆战队队员、10名意大利人、13名法国神父、20名修女和3200多名本地教徒。后来，中国教徒刘品一在《西什库被围纪略》里回忆：“（义和团）至西什库大街前，将某家棚铺点着。火光冲天，风借火势，火助风威，加以杀喊之声，实令人惊心动魄。此时余等自忖必死无疑，人人面孔煞白，坐以待毙。”

集体冲锋遭遇洋人火枪的反击，很快停止。几日后，清兵调来火炮，轰掉了西什库教堂顶部的十字架。对教堂威胁更大的是义和团、清军挖的地道和埋的地雷，地雷共爆炸了四次，西什库教堂大堂旁边被炸出了一个大坑。不过，直到8月16日八国联军攻占北京城，义和团与清兵最终没能攻下西什库教堂。

1901年，《辛丑条约》签订后，西什库教堂开始着手重建，恢复了原来的规模。其实，这座教堂最早并非建于西什库，而是建在中海西侧的蚕池口，也就是今天国家图书馆文津馆斜对面。教堂名为救世主教堂，因为地名蚕池口，也俗称蚕池口教堂。

康熙三十二年（1693年）5月的一天，正值盛年的康熙皇帝感到身体时冷时热，十分不适。御医虽然着急，却也束手无策。幸亏此前康熙皇帝曾与法国耶稣会教士洪若翰讨论过西医西药，危急时刻，他想起了身在广州的洪若翰。洪若翰接到圣旨后，立即将法国多罗神父寄来的金鸡纳霜送到京城。经过多次试验后，皇帝服下他进呈的金鸡纳霜，不久就痊愈了。为了表示感谢，皇帝将蚕池口的一块地赏赐给洪若翰建教堂。1703年12月正式开堂时，康熙皇帝还赠送了一方匾额、一副长联以及一首律诗表示庆贺。

后来，清政府禁教，蚕池口教堂于道光七年（1827年）被查封。不过，第二次鸦片战争后，蚕池口教堂又原址重建，建筑颇为高大华美。

可是，蚕池口距三海很近，站在教堂高耸的钟楼上，可以轻易看到皇家禁苑。这一直是清皇室的一块心病。光绪十一年（1885年），清廷借着扩建中南海的机会，有意将教堂纳入皇家范围，把教堂迁到了不远处的西什库。

西什库原是明清两代的皇家仓库，因有十个库房，又在皇城西北角，所以叫西什库。教堂占去了西什库南段的八个仓库，成为当时北京规模最大的天主教堂。据记载，当时西什库教堂的主体建筑是主教座堂，俗称大堂；大堂南边有两道门，里面是公门，外面是大门，大门就紧邻西安门大街了；大堂西侧由北向南是四间主教公署，西南角是印刷所；东侧由北至南依次有小修院、大修院、神学院；大堂正北方紧挨着的是图书馆；再往北一条小路之隔是仁慈堂，仁慈堂两侧分别是两个孤儿院。

1901年，西什库教堂重修完毕，原有的教堂钟楼加高了一层，被炮火摧毁的主教公署、修道院和育婴堂也修补完好。

如今，蚕池口的老教堂早已不见踪迹，西什库的新教堂也历经风雨，日渐斑驳。现在，西什库教堂门口大树上张贴着正在修缮中的公告，想必不多日，修葺一新的教堂会以年轻的面貌迎接来往的人们。