１7日凌晨，民进党团占绝对优势的台立法机构经过连夜审议表决，强势通过当局主导的《农田水利会组织通则》修正案，台湾农田水利会（简称水利会）改制为公务机关，将停止办理会长及会务委员选举，会长今后改为“官派”。

台湾立法机构临时会１６日下午处理水利会改制案，在协商未果的情况下，进入审查程序。在历经近７小时激辩后，台立法机构三读通过《农田水利会组织通则》修正案。新条文规定，未来水利会长及各级专任职员，准用“公务人员行政中立法”；自修正条文施行之日起，停止办理会务委员及会长的选举，本届会长之后，由主管机关指派。对于水利会约３０００亿元（新台币，下同）的资产则规定另定法律规范。

改制之后，台湾水利会会长直选成为历史，水利组织未来隶属农业主管部门的农村及农田水利署下设的各分署，水资源一元化管理。

水利会在台湾历史悠久，是“公法人”的自治组织，主要工作是水利事业的兴办、农业灾害防治以及其他农业政策或土地开发等。目前，全台各地共有１７家水利会，会员超过１４０万，灌溉管辖区有３７．１万公顷。

水利会改制案在台湾引发巨大争议。水利会等农团组织及中国国民党等政党组织数千人１６日在立法机构前集结抗议。抗议者轮番发言痛批指出，当局决定水利会改制，会长“官派”，并把资产充公，形同侵吞剥夺农民资产，是“鸭霸政府”“强取豪夺”。

改制通过后，台湾著名评论员邱毅批评说，民进党当局上台以来，利用各种手段到处掠财，不久前就强迫台“妇联会”捐款３００多亿归公有。水利会是人民团体，约３０００亿的资产是１００多万会员提供筹措的，属于农民。当局未经会员同意，甚至连协商都没有，就将水利会改为公务机关，将农民资产充公，这是严重违法行径。同时，水利会成为官派机构，势必产生大量官派位置，将成为当局酬庸的工具。

台湾大学政治学系教授、孙文学校总校长张亚中指出，民进党政府此次修法是政治权力独断，掠夺人民财产，其心态是对权力与利益的贪婪。

民进党当局则声称，水利会改制获通过是一项改革，会提升农田水利与水资源的管理效率，扩大对农民的服务。政府将成立基金，把农民的资产都用在农田水利上。